Error apk no alineado con Android studio 2.0

Hola a todos.
Hace unos días actualice android studio a la versión 2.0 y desde entonces no puedo subir apps a la play store, siempre me aparece que el app-release.apk no está alineado.
Antes no tenía ningún problema, pero ahora no hay manera de actualizar mis app o incluso al crear nuevas también me sale el mismo error.
He reinstalado el android studio y el SDK también y lo he actualizado todo pero sigue sin funcionar ya no se que más puedo hacer.
Por favor alguien que pueda ayudarme.
Gracias y saludos.